Ученые выделяют следующие основные риски употребления в пищу ГМ-продуктов:

Угнетение иммунитета, возможность острых нарушений функционирования организма, таких как аллергические реакции и метаболические расстройства, в результате непосредственного действия трансгенных белков. Влияние новых белков, которые продуцируют встроенные в ГМО гены, неизвестно. Человек их ранее никогда не употреблял, и поэтому неясно, являются ли они аллергенами. К тому же есть научные данные, говорящие о том, что, в частности, Bt-токсин, который производят многие сорта трансгенных кукурузы, картофеля, свеклы и пр., в пищеварительной системе разрушается медленнее, чем ожидалось, а значит - может являться потенциальным аллергеном.

Различные нарушения здоровья в результате появления в ГМО новых, незапланированных белков. Эти нарушения могут возникнуть в связи с множественным эффектом белков ГМО: при получении ГМО в лаборатории невозможно заранее предвидеть, в какой именно участок генома встроится новый ген, и сколько его копий окажется в организме-получателе. Никто не смог доказать, что одни и те же копии одного и того же гена работают одинаково. Они могут производить белок, могут его не производить, могут производить его менее или более активно; из-за сбоя в метаболизме они могут синтезировать непредсказуемые вещества и так далее. Уже существуют убедительные доказательства уменьшения стабильности генома растения при встраивании в него чужеродного гена. Все это может послужить причиной изменения химического состава ГМО и возникновение у них неожиданных, в том числе, токсических свойств. Негативное воздействие на здоровье может также проявиться в связи с наличием в ГМО "технологического мусора" - дополнительных генов, с помощью которых в организм встраивается целевой (основной) ген.

Появление устойчивости микрофлоры кишечника человека к антибиотикам. При получении ГМО до сих пор используются маркерные гены устойчивости к антибиотикам, которые могут перейти в микрофлору кишечника, что было показано в соответствующих экспериментах, а это в свою очередь может привести к медицинским проблемам - невозможности вылечивать многие заболевания. В Европейском союзе с декабря 2004 г. запрещена продажа ГМО с использованием генов устойчивости к антибиотикам. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) рекомендует производителям воздержаться от использования этих генов, однако корпорации от них полностью не отказались. Риск таких ГМО, как отмечается в Оксфордском Большом энциклопедическим справочнике, достаточно велик и "приходится признать, что генетическая инженерия не настолько безобидна, как это может показаться на первый взгляд".

Нарушения здоровья, связанные с накоплением в организме человека гербицидов. Большинство известных трансгенных растений не погибают при массовом использовании сельскохозяйственных химикатов и могут их аккумулировать. Есть данные о том, что сахарная свекла, устойчивая к гербициду глифосат, накапливает его токсичные метаболиты (промежуточные продукты обмена веществ) в живых клетках.

Сокращение поступления в организм необходимых веществ. В основе современных исследований на безопасность ГМО лежит концепция "существенной эквивалентности", согласно которой генетически модифицированные продукты так же безопасны, как и их традиционные аналоги, и, следовательно, в обязательном порядке проводится только композиционное сравнение между ГМ-продуктом и его аналогом. Однако до сих пор, по мнению независимых специалистов, нельзя точно сказать, например, является ли состав обычных соевых бобов и ГМ-аналогов эквивалентным или нет. При сравнении различных опубликованных научных данных выясняется, что некоторые показатели, в частности содержание фитоэстрогенов (веществ - растительных аналогов женских половых гормонов эстрогенов), в значительной степени разнятся.

Отдаленные канцерогенный и мутагенный эффекты. Каждая вставка чужеродного гена в организм - это мутация, она может вызывать в геноме нежелательные последствия, и к чему это приведет - никто не знает и знать на сегодняшний день не может. При изменениях, вносимых чуждым геном в эволюционно отлаженный геном, не предполагать вероятность возникновения токсичных, аллергенных, канцерогенных и мутагенных продуктов (веществ) невозможно. Поэтому независимые специалисты не исключают проявления негативных эффектов, связанных с такими веществами, у потреблявшего ГМО человека в будущем.